马来西亚前三名大学分别是马来亚大学（QS70位）、马来西亚博特拉大学（QS123位）和马来西亚国民大学（QS129位），这三所大学也都是由政府出资成立的公办院校，马来亚大学更是马来西亚唯一一所跻身百强的名校，2023QS亚洲大学排名第九位，跻身亚洲名校TOP10！
马来亚大学—QS70位
马来亚大学是一所文理学科和医学兼有的综合性大学，是马来西亚规模最大和最著名的大学之一，也是一所全马历史最悠久的学府，总校位于首都吉隆坡的班台谷（Lembah Pantai)，另有分校位于吉兰丹州的Nilam Puri和吉隆坡市中心。
它的前身是1905年成立的爱德华七世王学院（Kolej King Edward VII）和1929年成立的莱佛士学院（Kolej Raffles）。爱德华七世王学院主要是培养医学人才，莱佛士学院是培养教育方面人才的。资格及学术水平广受世界承认，是马来西亚公认的首屈一指的名校。
1949年10月8日这两所学院合并成立了马来亚大学。它主要是为当时的马来亚和新加坡培养高级人才。这所大学发展很快，于1956年在新加坡和吉隆坡分别设立了两所分院。1960年由于新、马两国分离的原因，原吉隆坡的分院被政府接纳为国家大学，马来亚大学于1962年1月1日正式成立。
马来西亚博特拉大学—QS123位
大学致力于发展研究生教学，向国际学生提供硕士以上学位课程。UPM(马来文：Universiti Putra Malaysia)有来自世界各地的50多个国家的留学生硕士研究生和博士研究生人数达1万人。
博特拉大学是一所在国际学术领域倍受认可的马来西亚顶尖的国立大学，拥有十分广泛的专业和研究方式。UPM密切与企业界以及国内外人才发展机构合作，使学生们的学习和研究课题与社会发展密切结合在一起，使学生们有广泛的实践和研究机遇。
马来西亚国民大学—QS129位
马来西亚国民大学（马来文：Universiti Kebangsaan Malaysia，英文：The National University of Malaysia）简称国大/UKM，创办于1970年，是马来西亚五所研究型大学之一。2011年，学校正式批准中文官方名字为“马来西亚国立大学”。
马来西亚国立大学拥有两个校区：总校位于雪兰莪州万宜新镇（Bandar Baru Bangi），距离吉隆坡市区约35公里；分校坐落在吉隆坡市区。大学医院以及教学医院，即马来西亚国民大学医疗中心（PPUKM/UKMMC）则位于吉隆坡蕉赖地区。截至2016年8月，国大在校学生26961人，其中国际学生2512人，约占全体学生人数的9%。在2023年QS世界大学排名中，马来西亚国立大学与美国普渡大学并列世界第129位。在2023QS亚洲大学排名中，马来西亚国立大学位列亚洲第30位，东南亚第5位。
